V srednjem veku se je večina farmacevtskega in medicinskega znanja ohranjala v samostanih, ob katerih so ubožni meniški redovi postavljali bolnišnice in lekarne. Določena zdravila za zunanjo uporabo so poleg samostanskih kirurgov – lekarnarjev – smeli prodajati še ranocelniki in padarji, zeliščarice in šarlatani pa so na sejmih za drag denar in največkrat pod mizo prodajali »čudežna« zdravila.  Vse do 13. stoletja je bil zdravnik tudi lekarnar, nabiral je zelišča, semena in plodove, pripravljal zdravila in z njimi zdravil ljudi. Z odlokom rimskega cesarja Friderika II. sta se leta 1240 medicinska in farmacevtska veda ločili, lekarnarji pa so lahko delali le pod nadzorom zdravnikov in po pooblastilu zdravniškega kolegija. Za zavetnika (in vzornika) lekarnarjev in zdravnikov so v srednjem veku izbrali sv. Kozmo in Damijana, brata dvojčka, mučenca, ki sta zdravila ljudi brez plačila. Eden najznamenitejših zdravnikov ob koncu srednjega veka je bil Paracelsus, sin samostanskega zdravnika iz Beljaka. Njegovo glavno načelo je bilo, da se mora zdravnik pri delu ravnati po zdravi pameti, vzorih iz narave in črpati iz izkušenj.

Z razvojem znanosti in farmakologije v novem veku so na stari celini nastale prve lekarne. Za prvo lekarno v Evropi velja v 11. stoletju ustanovljena lekarna v Salernu (Italija), za prvo na današnjem ozemlju Slovenije pa lekarna v Kopru iz konca 14. stoletja. Ljubljana naj bi prvo lekarno dobila v začetku 16. stoletja, doslej znani viri pa kot prvega ljubljanskega lekarnarja navajajo Italijana Zoana Francisca Cathania, ki je že leta 1526 vodil lekarno na Novem trgu, nedaleč od mestne hiše. V 16. stoletju so bile lekarne predvsem »trgovsko blago«, ki je s prodajo ali sklepanjem zakonskih zvez menjalo lastnike, ti pa so se poleg lekarništva pogosto ukvarjali še z drugimi dejavnostmi – gostinstvom, lesarstvom ali železarstvom.  Do konca stoletja je bilo v središču Ljubljane, ki je takrat štela nekaj več kot 5.000 prebivalcev, pet lekarn.

V 17. stoletju razvoj naravoslovnih ved in fizikalna odkritja pomenijo tudi razvoj farmacije. Lekarne v mestih postanejo del urbanega tkiva, tudi v Ljubljani, kjer so lekarne v tem obdobju zamenjale številne lastnike, vendar je njihovo število ostalo nespremenjeno. Lekarne, njihovo poslovanje in storitve, so v 17. stoletju preverjali nadzorniki, največkrat zdravniki, ki so bili še posebno pozorni na stanje sestavin, njihovo preležanost, pretečene roke trajanja, postopke pri izdelavi receptov,uporabo nevarnih sestavin, pa tudi na delovanje lekarniških instrumentov, tehtnic in uteži. Leta 1710 je izšel Lekarnarski red za Kranjsko, ki je postal »hišni red« ljubljanskih lekarnarjev, saj je urejal različna vprašanja, uskladil pa naj bi tudi cene zdravilnih pripravkov,ki so bile v lekarnah različne, a povsod visoke. V Ljubljani se je iz najbogatejših slojev družbe razvijala mestna elita, ki je prevzemala visoke uradniške službe. Lekarnar je bil cenjen poklic, na kar kaže tudi to, da je bilo med mestnimi sodniki in župani več lekarnarjev. V tem času pa je cvetel tudi razvoj danes mejnih znanosti, kot so astrologija, magija, alkimija, okultizem, hiromantika.

Z razsvetljenskimi reformami v času vladavine Marije Terezije je farmacija stopila v obdobje uzakonjenja: od leta 1745 so morali vsi lekarnarji pripravljati zdravila po dunajskem dispenzatoriju, uredba iz leta 1748 je določila pristojnosti samostanskim lekarnam, reforma zdravstvene službe iz leta 1770 pa je določila nova pravila taksiranja in navedbe cen za vsako uradno zdravilo. V Ljubljani so v 18. stoletju delovali štirje lekarnarji, združeni v svoje stanovsko društvo, lekarnarski meščanski gremij za Ljubljano. Ljubljanski lekarnarji so se borili predvsem za strokovno delovanje in poskušali znižati in poenotiti visoke cene zdravil. Ker so imele vse štiri lekarne dovolj dela in prihodkov, so se lekarnarji na vso moč borili proti odprtju pete, Pri angelu, ki jo je leta 1873 odprl Gabrijel Piccoli.